沿革

戦前
明治29年（1896年） 11月，中央気象台が小笠原島庁職員に業務を委託、観測開始。
明治36年（1903年）　6月，八丈島庁職員に観測業務を委託。
明治39年（1906年）　6月，中央気象台が「小笠原測候所」開設、同年8月1日より1日3回の気象電報を発信。
明治40年（1907年）　4月，「父島測候所」に改称。
大正  9年（1920年）　8月，「中央気象台付属父島測候所」に改称。
昭和20年（1945年） 12月，測候所員全員内地へ引揚げにより観測中止。
昭和21年（1946年） 11月，「父島測候所」廃止。

戦後
昭和43年（1968年）　6月，小笠原諸島の日本返還に伴い、気象庁が「父島気象観測所」を設置し、米国海軍気象隊より気象観測業務を引継ぐ。
昭和46年（1971年）　1月，父島三日月山、地磁気観測開始。
昭和49年（1974年）　7月，父島三日月山、地震観測開始。
昭和50年（1975年）　3月，父島二見湾、検潮観測開始。
昭和59年（1984年） 10月，新庁舎完成。
平成  7年（1995年）　4月，父島西町（観測所）、地震観測開始。
平成12年（2000年）　3月，津波地震早期検知網整備（父島および母島に計4か所の観測点）
平成12年（2000年）　3月，父島桑ノ木山・北袋沢及び母島中ノ平、地震観測開始。
平成15年（2003年）　4月，新測地系移行による緯度・経度の変更。
平成17年（2005年）　3月，父島三日月山・桑ノ木山・北袋沢、母島中ノ平、多機能型地震計化。
平成19年（2007年）　7月,  父島三日月山・桑ノ木山・北袋沢、母島中ノ平、震度観測開始。
平成23年（2011年）　2月，父島桑ノ木山・北袋沢の震度観測点廃止。
平成31年（2019年）　4月，地上気象観測の目視観測を自動化。