| 年 月 日 | 事 項 |
| 1942年(昭和17年) ２月１日 |
中央気象台南大東島観測所創立（現 南大東島地方気象台） （昭20.11.20業務停止、昭21.2.25業務再開） |
| 1949年(昭和24年) 12月31日 |
琉球軍政府へ移管 |
| 1950年(昭和25年) １月１日 |
琉球気象局開設 南大東島観測所 |
| 1951年(昭和26年) 11月12日 |
琉球臨時中央政府設立に伴い琉球気象局は琉球気象台と改称、南大東島測候所となる |
| 1952年(昭和27年) ４月１日 |
琉球政府発足 琉球政府郵政局琉球気象台となり南大東島測候所と称す |
| 1961年(昭和36年) ４月２日 |
高層気象観測業務開始 |
| 1965年(昭和40年) ８月１日 |
琉球気象台は、琉球政府通商産業局の外局として琉球気象庁となり、南大東島測候所は南大東島気象台と改称 |
| 1971年(昭和46年) 12月15日 |
南大東島航空測候所創立（現 南大東航空気象観測所） |
| 1972年(昭和47年) ５月15日 |
沖縄の本土復帰に伴い南大東島気象台は南大東島地方気象台と改称南大東島航空測候所は南大東空港出張所と改称 |
| 1991年（平成３年) ４月12日 |
南大東空港出張所を南大東空港分室に改める |
| 1995年（平成７年) ８月１日 |
南大東島地方気象台が新庁舎へ移転（南大東村字在所３０６） |
| 1997年（平成９年) ７月20日 |
南大東空港分室廃止 南大東航空気象観測所と改称 新空港へ移転（南大東村字旧東２５８）（日本気象協会に業務委託）基地官署は那覇航空測候所となる（平成１５年６月１日 南大東村へ委託先を変更した) |
| 2003年（平成15年) ４月１日 |
ウィンドプロファイラ運用開始 |
| 2005年（平成17年) ３月１日 |
集合型ＧＰＳ高層気象観測システムによる観測開始 |