九州南部付近の梅雨前線が北上し、九州北部に停滞、活動が活発化し、前線上の低気圧が九州北部沿岸を東北東に進んだ。
1999年（平成11） 6月 壱岐の大雨
概況
平成11年6月29日09時,21時の天気図（Clickすると大きく表示します）
災害の概況
29日壱岐郡芦辺町で民家の裏の崖が崩れ壁に当り、中学生が下敷きとなって死亡。
ＪＲ57本運休、県内道路：13ヶ所通行止。離島航空便欠航 その他の被害：壱岐の小中学校18校が休校。
被害
| 長崎 | |
| 死者 | 1人 |
| 重軽傷 | 1人 |
| 全壊家屋 | 2棟 |
| 半壊家屋 | 2棟 |
| 床上浸水 | 3棟 |
| 床下浸水 | 11棟 |
| 道路損壊 | 1件 |
| 山がけ崩れ | 41件 |
各地の日雨量(mm)
| 17日 | 18日 | 19日 | 20日 | |
|---|---|---|---|---|
| 長浦岳 | 83 | 25 | 132 | 28 |
| 国見山 | 131 | 47 | 135 | 35 |
| 島原 | 40 | 8 | 90 | 50 |
| 深江 | x | 10 | 107 | 35 |
芦辺地域気象観測所の毎時雨量（mm）
| 時＼日 | 6月29日 |
|---|---|
| 1 | 10 |
| 2 | 2 |
| 3 | 63 |
| 4 | 39 |
| 5 | 40 |
| 6 | 95 |
| 7 | 1 |
| 8 | 1 |
| 9 | 0 |
| 10 | 0 |
| 11 | 0 |
| 12 | 0 |
| 13 | 0 |
| 14 | 0 |
| 15 | 0 |
| 16 | 0 |
| 17 | 0 |
| 18 | 0 |
| 19 | 1 |
| 20 | 1 |
| 21 | 2 |
| 22 | 1 |
| 23 | 1 |
| 24 | 0 |
| 日計 | 257 |
| １時間最大 | 95 |
| 同上起日時 | 19日06時 |