【気象の状況】
19日から21日にかけて中国大陸からのびる梅雨前線が九州北部付近に停滞し、20日夜には梅雨前線上に低気圧が発生し東進した。
低気圧や前線に向かって暖かく湿った空気が流れ込み、大気の状態が非常に不安定となり、20日明け方から21日未明にかけて長崎県の西海上から断続的に発達した積乱雲が流れ込んだ。

【大雨の状況】
上五島と佐世保･東彼地区では、20日明け方は局地的に非常に激しい雨となり、西海市江島では20日5時30分までの1時間に解析雨量で約80ミリの猛烈な雨となった。
また、20日夜のはじめ頃から夜遅くにかけて北部と南部では局地的に1時間80ミリ以上の猛烈な雨を観測し、島原半島では、雲仙岳と南島原市付近で110ミリ以上の猛烈な雨となり、記録的短時間大雨情報を発表した。
各地で日最大１時間降水量及び3時間降水量の観測史上1位又は6月の1位を更新するなど記録的な大雨となった。

【災害の状況】（長崎県危機管理課調べ 6月21日07時00分現在（最終報））
○ 人的被害：なし
○ 住家被害：床上浸水 1棟（南島原市西有家町見岳 1棟）
　　　　　　床下浸水 7棟（南島原市有家町榎田釘崎、同深江町甲、同深江町乙、同深江町丁、同北有馬町乙 各1棟、同西有家町須川 2棟）
○ 崖崩れ ： 2か所（広域農道南島原市北有馬町愛宕トンネル付近、県道30号線南島原市北有馬町坂下地区公民館付近）
○ 道路冠水：長崎市、島原市
○ 避難 ：避難勧告 長崎市野母崎、三和、深堀、茂木、土井首地区 22,852世帯 48,944人（20日22時05分発表 21日00時15分解除）
　　　　　　　　　　南島原市全域 19,048世帯 48,239人（20日22時30分発表 21日03時42分解除）
　　　　　　　　　　雲仙市千々石町、小浜町、南串山町 7,102世帯 17,556人（20日23時15分発表 21日03時42分解除）
　　　　　避難状況 長崎市 3か所6世帯14人
　　　　　自主避難 島原市 4か所5世帯10人時津町 1か所1世帯3人