台風第16号が東シナ海を北上したことに伴い、平成24年9月17日の午前を中心に長崎県内各地で高潮による床上浸水・床下浸水被害が発生した。
長崎海洋気象台は9月18日、特に被害の大きかった島原市が面する有明海の高潮の特性を把握するため、島原市及び雲仙市へ「気象庁機動調査班（JMA－MOT）」を派遣して現地調査を行った。